Les cartes CompactFlash sont généralement livrés pré-formaté soit avec le système de fichiers FAT ou FAT32, en fonction de leur taille. Beaucoup de caméras plus âgés seront physiquement acceptent nouveaux, cartes CompactFlash de plus grande capacité, mais ils peuvent ne pas être en mesure de les utiliser à moins qu'ils sont partitionnés en premier. Par exemple, une caméra peut adapter une carte de 16 Go, mais seulement être en mesure de voir et d'utiliser les 8 premiers Go. Le partitionnement de la carte CompactFlash permet à la caméra d'utiliser une partie de la carte, tandis qu'un ordinateur ou un autre appareil est en mesure d'utiliser le reste de la carte.