Logiciel Zune est inclus avec le Zune et est disponible pour téléchargement gratuit. Destiné à être la principale méthode pour gérer le contenu sur le Zune, le logiciel officiel de Zune vous permet de modifier les paramètres Zune, ajoutez ou supprimez des fichiers, et mettre à jour le firmware Zune. Si vous ne souhaitez pas utiliser le logiciel Zune, vous pouvez utiliser la version de votre ordinateur de Windows Media Player pour transférer de la musique à la Zune. Alors que le Zune ne prend en charge les formats WMA et audio MP3, Windows Media Player sera automatiquement convertir les fichiers incompatibles à un format lisible pour le Zune.