Alors que les applications par défaut sur votre iPhone ne peuvent pas être supprimés de votre écran d'accueil, les applications téléchargées depuis l'iTunes App Store sont amovibles lorsque l'iPhone est connecté à votre PC Windows ou Macintosh. Dans iTunes 9, les préférences de l'application de l'iPhone affiche l'écran d'accueil de votre appareil et vous permet de sélectionner les applications et inclus et exclus du processus de synchronisation de l'iPhone. Bien que les applications non cochés ne pas apparaître sur votre iPhone, ils resteront dans la section Applications d'iTunes et peuvent être rajouté plus tard.