Le format audio de la Monkey est un "lossless" format audio en ce qu'elle préserve l'intégralité des enregistrements sonores lors de l'encodage de fournir un fichier audio qui a une qualité supérieure aux formats audio comparables, tels que MP3 et AAC. Monkey Audio dispose de deux types de fichiers. Les fichiers APE contiennent l'audio brut, et les fichiers CUE contiennent des informations sur l'audio, y compris le nom de la piste, l'artiste et titre de l'album.