Un fichier MP3 peut être endommagé par une application qui se bloque lors de l'exécution du fichier, au cours du processus de téléchargement ou par une panne du système de l'ordinateur. Le fichier MP3 sera injouable sur les deux ordinateurs et lecteurs de musique portables. Certains fichiers MP3 endommagés peuvent être fixés en utilisant des applications de réparation, tels que MP3 Repair Tool, réparation MP3val et Diags MP3.