Un fichier PDF, comme tout autre fichier de l'ordinateur, peut être endommagé par un plantage de l'application, dur redémarrage du système, virus ou autres dysfonctionnements. Le fichier corrompu ne peut pas être ouvert par un programme compatible sans erreurs. Un fichier PDF corrompu peut être réparables en utilisant un logiciel de récupération. Si le fichier endommagé est réparé avec succès, le logiciel PDF compatible sera en mesure de l'ouvrir normalement. Logiciel de réparation PDF est disponible en ligne et vient dans beaucoup de variétés, y compris l'open source et freeware. La plupart des outils de réparation PDF sont des applications autonomes, mais certains sont disponibles sous forme de plug-ins pour d'autres applications.