L'ECU sur le Toyota FJ Cruiser est l'ordinateur ou le cerveau du véhicule. Il surveille les performances du moteur et dicte la façon dont le moteur adapte aux conditions de conduite. Il régule la quantité de carburant envoyée au moteur, la synchronisation de l'étincelle et à peu près tout ce qui permet au moteur de réaliser. Pilotes occasionnellement pourraient avoir à réinitialiser l'ECU du FJ Cruiser à des fins de dépannage.