Obtenez votre identité génique pour base de données Entrez Gene. Recherche pour le "RefSeq" identité de votre gène en entrant simplement le nom de votre gène dans la boîte de recherche. Obtenir l'identité RefSeq ADNc de votre gène choisi (par exemple, "NM_136342").
Télécharger le "FASTA" séquence. Ceci est le contenu de nucléotides de votre gène représenté comme alphabets et est essentiellement un fichier texte. Cherchez le "plus grand que" symbole (gt;), qui signale le début de la séquence du gène. Soit sélectionner, copier et coller toute la séquence ou cliquez sur le "Télécharger" bouton pour récupérer sur votre ordinateur.
Obtenez votre séquence du gène. Allez sur le site de BLAT ou BLAST (genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat) et collez votre séquence FASTA format dans la boîte de recherche. Cliquez "Soumettre."
Utilisez un outil de conception d'amorce professionnel. Ceux-ci comprennent des logiciels tels que le perlprimer librement disponibles, ou plus sophistiqués, mais commerciales telles que VectorNTI et MacVector. Dans perlprimer (perlprimer.sourceforge.net/), suffit de télécharger votre séquence dans le logiciel et cliquez sur "Trouver amorces."
Vérifiez les amorces. Vous devriez voir amorces sens et antisens ("des paires d'amorces"), Avec des positions numériques sur la séquence, les longueurs d'amorce, la température de fusion et la séquence de l'amorce complète. Vérifier que les paires d'amorces de toutes les règles de conception d'amorces, telles que faible formation amorce-dimère, la présence d'un clamp GC au trois-prime-fin (3 ') de l'amorce, et en ce qu'au moins une amorce se trouve enjambant une frontière intron-exon.
Vérifier les produits générés par les amorces. Exécuter une PCR électronique (par exemple, ePCR de NCBI) pour vérifier les types ou des propriétés de produits géniques produites par les amorces pendant une réaction PCR simulé.