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Comment calculer la température de recuit primaire

Primers, également connu sous le "oligos," sont de courts brins de nucléotides appelés oligonucléotides qui sont utilisés comme des séquences d'amorçage en chaîne de la polymérase (PCR) Réactions. Les amorces "paires de bases" aux extrémités de la séquence à copier, en fournissant des sites de fixation pour l'extrémité 3 'des nucléotides entrants. Une température d'hybridation optimale est basée sur la composition des amorces et permet un appariement de bases spécifique des oligos pour la séquence d'intérêt. Plusieurs méthodes peuvent être utilisées pour calculer la température optimale de recuit, ou Ta.

Choses que vous devez

  • Papier
  • Crayon
  • Calculatrice

Pour des amorces de moins de 14 bases de longueur

  1. Ajouter le nombre de guanines et cytosines dans votre séquence d'amorce, puis ajouter le nombre de adénines et thymines.

  2. Multiplier les guanines totaux plus cytosines par quatre, et de multiplier les adénines totaux plus thymines par deux.



  3. Ajouter les deux totaux pour la température de fusion (Tm) de vos amorces, puis soustraire cinq pour Ta optimale. Ainsi, Ta = [4 (GC) + 2 (A)] - 5.

Pour des amorces plus de 14 bases de longueur




  1. Trouver le nombre total de guanines ainsi cytosines dans votre amorce.

  2. Branchez les guanines totaux plus cytosines dans la formule prévue par Promega: "Tm = 64,9 + 41 degrés Celsius degrés C x (nombre de G et de C dans l'amorce de - 16,4) / N où N est la longueur de l'amorce."

  3. Soustraire cinq de ce total pour Ta. Ainsi, Ta = [64,9 degrés C + 41 degrés C (total G + C - 16.4) / N] - 5.

  4. Utilisez la formule la plus simple à la place: Ta = 3 (guanines totaux plus cytosines) + 2 (adénines totaux plus thymines).

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